A mãe de João Pedro é a principal suspeita da morte do menino, e o delegado afirma que uma das linhas de investigação é o término do relacionamento dela. O pai do menino de 6 anos relata que não tinha nenhum problema com a ex-mulher e que ela sempre foi uma mãe cuidadosa com o menino.
O corpo da criança foi encontrado em um lago, em Santo Anastácio, no interior de São Paulo. Ele havia sido dado como desaparecido depois que a mãe disse que ele soltou a mão dela e correu para uma mata durante um passeio.